Wirkstoffdesign
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Kapitel 18
Abb. 18.4 Zur Berechnung molekularer Felder erzeugt man ein Gitter, das ein Molekül weiträumig umfasst. Farbcodiert sind die Gitterpunkte mit zunehmendem Abstand vom Liganden hervorgehoben (rot < gelb < grün < blau < grau). In den Schnittpunkten des Gitters mit einer Maschenweite von 1–2 Å berechnet man die Beiträge der gewählten Felder. Für jeden Gitterpunkt werden die Feldbeiträge (S1, S2 ... Sn, E1, E2 ... En) in eine Tabelle eingetragen. Die Auswertung erfolgt für alle Moleküle des Datensatzes. Die Bindungsaffinitäten werden z. B. als –log(Ki) in die Tabelle aufgenommen. Mit einer besonderen statistischen Methode, der PLS-Analyse, werden die Feldbeiträge, gewichtet entsprechend der anpassbaren Koeffizienten (a, b, ... z), mit den Affinitäten in Bezug gesetzt. Man erhält ein Modell, das in Form einer Gleichung angibt, an welchen Gitterpunkten und mit welchem Gewicht die verschiedenen Felder Beiträge zur Erklärung der biologischen Wirkung liefern.: