Abb. 17.7 Experimentell bestimmte Bindungsgeometrie von Methotrexat 17.6 (grüne Kohlenstoffatome) und Dihydrofolat 17.7 (graue Kohlenstoffatome) in Dihydrofolat-Reduktase. Die Heterocyclen der Liganden werden über Wasserstoffbrücken an die Carboxylat- bzw. Carbonylgruppen der in die Bindetasche orientierten Aminosäuren gebunden. Zwei Wassermoleküle (rote Kugeln) vermitteln zusätzliche Wasserstoffbrücken zwischen den Liganden und dem Protein. Die in Abb. 17.6 (c) diskutierten Unterschiede im Bindungsmodus sind deutlich zu erkennen. Auf der rechten Seite sind die elektrostatischen Potenziale um Methotrexat (oben) und Dihydrofolat dargestellt. Die Moleküle befinden sich in der räumlichen Orientierung, wie sie röntgenstrukturanalytisch bestimmt wurde. Das elektrostatische Potenzial ist durch Konturen gleicher Werte (blau: negatives Potenzial, gelb: Nulllinie, rot: positives Potenzial) dargestellt. Qualitativ betrachtet haben die Felder beider Moleküle in dieser Anordnung eine sehr ähnliche Form. :