Abb. 12.4 Kristallstruktur eines Komplex aus einer VHL-E3-Ligase (hellblau, Von Hippel-Lindau-Tumorsuppressor mit Ubiquitin-Ligase E3-Aktivität und zwei weiteren Domänen, Elongin B und C) und einem Zielprotein BRD4 (violett, epigenetisches Zielprotein, eine Bromodomäne, die an Histonproteinen Acylierungen ablesen kann, Abschnitt 12.14), das ubiquinyliert werden soll. Das PROTAC-Molekül ist im Zentrum zu sehen und verknüpft über seine beiden Ködergruppen (orange/blau) die beiden Proteine. Chemisch sind die beiden Köder über einen Polyethylenglykol-Linker miteinander verknüpft (lila). Die beiden Köder passen jeweils hochspezifisch in die Taschen in der Ligase bzw. der Bromodomäne.