Diese Abbildung erklärt, wie die Proteinstrukturen zusammen mit den gebundenen Liganden in vielen Abbildungen dieses Buchs dargestellt sind. (a) Das Protein wird schematisch durch den Verlauf seiner Hauptkette repräsentiert. Abschnitte der Polymerkette mit Faltblattstruktur (Pfeile) sind hellblau, helicale Segmente (Zylinder) in rot und Schleifenbereiche in grün hervorgehoben. (b) Die Aminosäurereste im aktiven Zentrum sind in einer Stäbchendarstellung gezeigt. Dabei werden, wenn nicht anders genannt, die Kohlenstoffatome des Proteins in orange, die des Liganden in grau, Sauerstoffatome in rot, Stickstoffatome in blau, Schwefelatome in gelb, Phosphoratome in orange, Fluoratome in türkis, Chloratome in grün, Bromatome in braun, Iodatome in violett und Metallionen in graublau wiedergegeben. Für Wasserstoffatome wählt man weiß, doch werden sie meist aus Gründen der Übersichtlichkeit weggelassen. (c) Die Aminosäuren sind mit einem Dreibuchstaben-Code (s. vordere Buchklappe) zusammen mit ihrer Position in der Sequenz (z. B. His 94) benannt. Wasserstoffbrücken zwischen dem Liganden (hier p-Fluorphenylsulfonamid) und den Aminosäuren des Proteins werden als dünne hellgrüne Linien angegeben. (d) Um die Bindetasche (Ausschnitt) ist als die lösungsmittelzugängliche Oberfläche berechnet worden (vgl. Abschnitt 15.6) und als grauweiße Oberfläche angegeben. (e) Analoge Darstellung der Oberfläche, jetzt transparentn zusammen mit den Aminosäureresten der Bindetasche. (f) Gesamtübersicht des Proteins (hier Carboanhydrase II, Abschnitt 25.7) mit der angedeuteten Bindetasche des katalytischen Zentrums, das durch einen Inhibitor blockiert wird. Er bindet koordiniert an das Zinkion und bildet drei Wasserstoffbrücken zum Protein aus. Die Polymerkette ist hier als kontinuierliches Band dargestellt. Die Farbcodierung mit hellblauen, roten und grünen Abschnitten entspricht der in (a). Die Darstellungen wurden mit dem Programm Discovery Studio Visualizer V20.1.0.19295 von Dassault Systemes Buivia Corp., Copyright 2019, angefertigt. Zusammen mit diesem Buch kann der Leser diese Abbildungen als Videos (:) in Form bewegter Bilder über den angegebenen QR-Code aufrufen. In der elektronischen pdf-Version sind die Abbildungen direkt verlinkt und werden durch Anklicken aufgerufen.